비상장주식 거래는 거래소 시세가 없어 가격을 당사자 간 합의로 정합니다. 세법은 그 거래가액이 시가와 얼마나 차이 나는지를 사후적으로 검증하는 구조이고, 비상장주식 거래는 세무조사에서 자주 지적되는 항목 중 하나입니다. 어떤 유형이 주로 문제되고, 실무에서 어떻게 대비하는지 정리했습니다.

특수관계인 간 저가 양도, 자주 지적되는 유형

대표가 배우자나 자녀에게, 또는 본인이 지배하는 다른 법인에 주식을 시가보다 낮은 가격으로 넘기는 경우입니다. 비상장주식의 거래가격은 원칙적으로 당사자 간 합의로 정할 수 있지만, 특수관계인 간 거래라면 세법이 거래가액과 시가의 차이를 검증합니다.

세법에서는 이런 거래를 두 가지 관점에서 봅니다. 주식을 싸게 산 개인에게는 증여세가 과세될 수 있습니다. 시가와 거래금액의 차이가 시가의 30% 이상이거나 3억원 이상이면, 그 차액을 증여받은 것으로 봅니다. 또한 양도인에게는 소득세법상 부당행위계산부인이 적용되어 실제 거래가액이 아닌 시가 기준으로 양도소득세가 재계산될 수 있습니다. 거래 당시에는 문제없다고 생각했더라도, 세무조사 과정에서 거래 시점의 주식 가치를 다시 평가하면 차이가 벌어지는 경우가 적지 않습니다. 거래 전에 거래 시점 기준의 세법상 시가를 확인해 두는 것이 좋습니다.

⚠️ 특수관계인 범위는 생각보다 넓습니다. 4촌 이내 혈족, 3촌 이내 인척, 배우자(사실혼 포함)는 물론이고, 본인이 지배하는 법인의 임직원까지 포함됩니다. 거래 상대방이 특수관계에 해당하는지 먼저 확인하는 것이 중요합니다.

👉 자세히 보기 - 특수관계자 간 비상장주식 저가·고가 양도와 증여세 계산

평가 기준일 전후, 손익을 조정한 것 아닌지 의심받는 경우

비상장주식의 보충적 평가에서 순손익가치는 최근 3년간 순손익의 가중평균으로 계산합니다. 직전 사업연도에 가중치가 가장 크기 때문에(3:2:1 비율), 평가 기준일 직전 사업연도에 비용을 크게 잡거나 매출을 이연하면 주식 가치가 인위적으로 낮아집니다.

실무에서 보면, 주식 양도 전후로 재무제표의 손익 흐름이 급변하는 회사는 과세관청의 소명 요청을 받는 경우가 많습니다. 주식 양도 직전 사업연도에 대규모 대손상각이나 퇴직금을 일시에 계상하고, 양도 이후 정상적인 이익 구조로 돌아오는 흐름이 보이면 손익 조정을 의심합니다. 과세관청은 이때 세무조정을 통해 부인된 비용을 제외하고 순손익가치를 재계산할 수 있으며, 결국 주식 평가액이 올라가면서 저가양도에 해당하게 되어 증여세나 법인세 부당행위계산부인이 추가로 적용될 수 있습니다.

💡 평가 전후 사업연도에 손익의 큰 변동이 있었다면, 그 변동에 대한 객관적 근거(계약서, 이사회 의사결정 자료 등)를 미리 정리해 두는 것이 좋습니다. 정당한 사업상 이유가 있더라도, 충분한 입증 자료 없이는 소명이 어려울 수 있습니다.

외부 투자 직전에 특수관계인에게 저가 양도한 경우

외부 투자를 유치하기 직전에 특수관계인에게 주식을 낮은 가격으로 넘기는 것도 세무조사에서 자주 문제됩니다.

세법에서는 평가기준일 전후 일정 기간 내의 매매사례가액을 시가로 봅니다. 증여재산의 경우 평가기준일 전 6개월부터 후 3개월까지의 거래가 시가 범위에 들어옵니다. 여기서 주의할 점은, 투자 라운드에 구주거래가 포함되어 있고 그 거래가 특수관계 없는 제3자 간 거래이며 일정 규모 요건을 충족하는 경우, 그 구주거래가액이 매매사례가액으로 인정될 수 있다는 점입니다. 신주 발행만으로 이루어진 투자 유치라면, 그 신주 발행가액이 기존 주식의 매매사례가액이 되지는 않습니다.

만약 구주거래가 포함된 투자라운드가 이 기간 안에 실행되면, 구주거래가액은 매매사례가액이 되어 "시가가 높은데 싸게 넘긴 것"이 되어 증여세가 과세될 수 있습니다. 이 문제를 피하려면 투자 유치 타이밍과 주식 양도 타이밍 사이의 간격을 검토하거나, 거래 시점 기준의 평가보고서를 별도로 받아두는 것이 좋습니다.

👉 자세히 보기 - 비상장주식 매매사례가액 시가 인정 요건: 평가기간과 거래규모

명의신탁 주식, 환원한다고 끝나지 않습니다

실제로는 대표 소유인 주식을 직원이나 지인 명의로 등재해 두었다가, 나중에 돌려받는 경우가 있습니다. 세법에서는 실제 소유자와 명의자가 다른 주식에 대해 명의신탁 증여의제를 적용합니다. 명의개서를 한 날에 명의자에게 증여한 것으로 보고 증여세를 부과합니다.

조세회피 목적이 없었다는 점은 납세자가 입증해야 하는데, 실무에서 이를 인정받은 사례는 많지 않습니다. 명의신탁을 해소하면서 다시 실소유자에게 돌릴 때, 그 환원 자체가 또 다른 양도나 증여로 볼 여지가 있습니다. 이미 증여세가 과세된 상태에서 환원까지 진행하면 이중 과세 문제가 생길 수 있으므로, 명의신탁 상태라면 국세청의 명의신탁주식 실소유자 확인 제도를 활용해 정리하는 것이 안전합니다.

"주주간계약서 있으니 괜찮다"는 착각

스타트업에서는 주주간계약(SHA)으로 주식 매수 가격, 우선매수권 등을 미리 약정하는 경우가 많습니다. 계약서에 "주당 1만원에 매수한다"고 적혀 있으면 그 가격으로 거래해도 문제없다고 생각하기 쉽습니다. 하지만 세법상 시가는 특수관계 없는 제3자 간 자유롭게 거래되는 가격을 의미하기 때문에, 당사자 간 약정가격과 세법상 시가에 차이가 나면 그 차이만큼 증여세나 양도소득세 문제가 생깁니다. 이 부분은 스타트업 지분 거래에서 자주 놓치는 포인트입니다.

마찬가지로, 평가보고서 없이 액면가나 임의 금액으로 거래하는 것도 주의가 필요합니다. 세무조사에서는 거래 당시 보충적 평가를 소급 적용해서 시가를 재산정합니다. 예를 들어, 액면가 5,000원짜리 주식의 보충적 평가액이 50,000원이라면, 그 차이 전체가 과세 대상이 될 수 있습니다. 비상장주식을 거래할 때는 거래 시점 기준의 세법상 평가를 거치는 것이 기본 절차입니다.

세무조사 대비 거래증빙 관리

비상장주식 거래에서 세무조사를 대비하는 핵심은 거래 당시의 근거 자료를 체계적으로 남기는 것입니다. 가장 중요한 것은 거래 시점 기준의 주식 평가보고서입니다. 회계법인이나 세무법인에서 보충적 평가방법에 따라 작성한 보고서가 있으면, 시가 산정의 합리성을 소명하는 근거가 됩니다.

평가보고서 외에도 거래 과정 전반의 자료가 필요합니다.

이 자료들은 거래 당시에 만들어 두는 것이 핵심입니다. 세무조사 통지를 받은 후에 소급해서 자료를 만들면 증빙력이 크게 떨어집니다. 비상장주식 거래를 계획하고 있다면, 거래 전에 평가 방법의 적정성, 특수관계인 여부, 거래 시점의 세무 쟁점을 미리 확인해 두는 것이 효과적인 예방법입니다. 금액이 크거나 특수관계인 간 거래라면, 거래 구조 자체를 세무전문가와 미리 검토해 두는 것이 좋습니다.

👉 자세히 보기 - 비상장주식 거래, 국세청은 어떻게 파악하는 걸까?

마무리

비상장주식 거래가 세무조사에서 문제되는 건 대부분 거래 당시에 세법상 시가를 제대로 확인하지 않았기 때문입니다. 주식 양수도 거래 시점 기준의 평가보고서를 받아두고, 계약서뿐만 아니라 대금 이체 내역까지 갖추어 두는 것이 기본입니다. 거래금액이 크거나 특수관계인 간 거래라면 거래 구조 자체를 세무전문가와 미리 검토해 두는 것이 확실한 예방법입니다.

• 본 콘텐츠는 법률적 자문이 아닌 일반 정보 제공 목적으로 작성되었습니다.