기술 연구·개발 활동을 하고 있는 기업이라면 ‘연구·인력개발비 세액공제’ 제도를 통해 법인세(또는 소득세)를 크게 절감할 수 있어요.

단, 아무리 연구 활동을 열심히 하고 있더라도 기업부설연구소(또는 연구개발전담부서) 인증이 없다면 혜택을 전혀 받을 수 없으니 주의하세요.

특히 세액공제는 연구소 설립·인증 이후에 발생한 비용부터 적용되기 때문에, 앞으로 연구개발을 확대할 계획이 있다면 하루라도 빨리 인증 요건부터 갖춰 두는 게 유리해요.

1. 연구·인력개발비 세액공제란?

기업이 기술 개발이나 연구 활동을 위해 지출한 비용(인건비, 재료비 등)을 법인세(또는 소득세)에서 공제해주는 제도예요. 기업부설연구소를 두고 꾸준히 R&D를 수행하는 기업에게 주어지는 가장 대표적인 세금 혜택이죠.

2. 어떤 기업이 받을 수 있나요? (지원 대상)

모든 법인과 개인사업자가 신청 가능하지만, 전제 조건이 하나 있어요. 바로 한국산업기술진흥협회(KOITA)로부터 기업부설연구소 또는 연구개발전담부서로 정식 인정을 받아야 한다는 점이에요.

🚨 연구조직 설립 '전' 지출한 비용은 공제 대상이 아니에요. 인증 요건을 충족한다면 연구조직 설립부터 서두르세요.
👉 기업부설연구소/연구개발전담부서 요건 자세히 보기

💡 연구조직 설립 전략

1) 창업 3년 이내라면 인적 요건이 완화돼요

창업 3년 이내 소기업은 연구원이 2명만 있어도 기업부설연구소를 설립할 수 있어요.

2) 연구소가 어렵다면 ‘전담부서’부터 만드세요

창업 초기라 연구원 영입이나 공간 구축이 어렵다면, 요건이 훨씬 간단한 ‘연구개발전담부서’를 고려해보세요. 세제 혜택은 동일하지만, 설립은 훨씬 수월해요. 일단 전담부서로 혜택을 받다가 규모가 커지면 연구소로 전환하셔도 돼요.

3. 어떤 비용이 공제 대상인가요?

인증받은 연구소/전담부서에서 '연구용'으로 사용한 비용만 해당돼요. 연구용으로 인정되는 비용은 다음과 같아요.

1. 자체 연구개발비 (직접 수행하는 연구)

기업 내부의 연구소나 전담부서에서 직접 사용하는 비용이에요.

• 인건비 (급여)

  • 대상: 연구 업무에만 종사하는 연구원의 급여와 4대보험료(기업 부담분)

  • 주의사항: 타 업무를 겸직하는 연구원이나 연구개발과제를 직접 수행하지 않는 관리 직원, 혹은 회사 주식의 10%를 초과 보유한 대주주 임원의 인건비는 제외돼요.

• 재료비 및 견본품비

  • 대상: 연구용 부품, 원재료, 시약, 시제품 제작용 모터/센서 등 구매 비용 (연구 전용 SW 구입·대여비, 서체, 음원, 이미지 구입비 포함)

  • 주의사항: 일반 사무용(OS, MS오피스 등) SW, 연구용 기계장치 등 자산 취득 비용은 제외돼요.

• 시설 임차료 및 이용료

  • 대상: 연구를 위해 빌린 시설이나 장비 이용료

  • 주의사항: 연구용 기계장치 등을 구입(취득) 비용은 제외돼요.

TIP: 연구용 자산 취득 비용은 ‘통합투자세액공제’ 대상이 될 수 있어요.
👉 통합투자세액공제 요건 자세히 보기

2. 외주 연구개발비 (외부에 맡기는 연구)

• 위탁 비용

  • 대상: 대학, 국공립연구기관, 타 기업 연구소 등에 기술개발을 맡기고 지급한 비용

  • 사례: 대학 산학협력단에 신기술 테스트 용역을 맡기고 지급한 5,000만 원

3. 인력개발비 (직원 교육)

직원의 능력 향상을 위해 지출한 교육 비용이에요.

• 위탁훈련비

  • 대상: 국내외 전문기관/대학에 직원을 위탁 교육시킨 비용 (예: AI 기술 교육)

  • 사례: 연구원에게 최신 AI 기술을 배우게 하기 위해 대학 위탁교육 과정에 등록해주고 지급한 교육비

• 사내훈련비

  • 대상: 자체적으로 실시한 직업능력개발훈련에 소요된 비용

  • 사례: 사내 기술대학 운영비, 강사료, 교육 교재비 및 실습 재료비 등

4. 기술정보비 및 자문료

기술 자문을 받거나 기술 정보를 얻기 위해 지출한 비용이에요.

• 연구개발 정보비

  • 대상: 기술 자문료, 기술 관련 정보 구입비 등

  • 주의사항: 단순 시장조사, 판촉 활동, 법률/특허 대행비, 기존 제품의 단순 변경 등은 연구개발비로 인정되지 않아요.

4. 세금은 얼마나 감면받을 수 있나요? (감면율)

기업 규모와 투자한 기술의 종류(일반 vs 국가전략기술)에 따라 공제율이 달라요.

당기분 vs 증가분: 더 유리한 계산 방식을 선택하세요

연구·인력개발비 세액공제는 두 가지 계산 방식 중 공제 금액이 더 큰 쪽을 선택할 수 있어요. 특히 중소기업의 경우 두 계산 방식의 공제율 차이(25% vs 50%)가 크기 때문에, 어떤 방식을 선택하느냐에 따라 공제 세액에 차이가 커요.

계산 방식

• 당기분 방식 (총액 기준)

  • 해당 연도에 지출한 연구개발비 총액에 일정 비율을 곱하는 방식

  • 공제세액 = 올해 지출한 금액 × 공제율

  • 👉 매년 꾸준히 R&D 비용을 지출하는 기업에 유리해요.

• 증가분 방식 (증가액 기준)

  • 전년도 대비 늘어난 금액에 대해 높은 비율을 곱하는 방식

  • 공제세액 = (당해 연도 지출액 - 직전 연도 지출액) × 공제율

  • 👉 신규 프로젝트 등으로 투자를 급격히 늘린 기업에 유리해요.

5. 주의사항

1) 연구조직 인증 취소 주의 (사후관리)

인증이 취소되면 취소일이 속하는 과세연도부터 공제를 받을 수 없어요. 따라서 연구소 설립 후에도 연구원 퇴사/이직 시 변경 신고, 연구 공간 유지, 연구노트 작성(활동 증빙) 등을 꾸준한 사후관리가 필수예요.

2) 타 지원금으로 지출 시 공제 불가

국가나 지자체 지원금(출연금)으로 연구 비용을 지출했다면 해당 비용은 공제 받을 수 없어요. 오직 회사가 직접 부담한 자부담금에 대해서만 공제가 가능해요.

3) 농어촌특별세 비과세

일반적으로 세액 공제/감면을 받으면 감면 세액의 20%를 '농어촌특별세'로 추가 납부해야 해요. 하지만 중소기업의 연구·인력개발비 세액공제는 예외적으로 농어촌특별세 비과세 혜택이 적용되므로 추가 납부 세액이 발생하지 않아요.

6. 신청 방법

법인세(또는 소득세) 신고 시 아래 서류를 작성해 관할 세무서장에게 제출하면 돼요. 실무에서는 대부분 세무대리인이 신고서·명세서를 작성하고, 회사는 연구조직·연구비 관련 증빙을 준비해 주는 방식으로 진행해요

필수 제출 서류

• 세액공제신청서

• 기업부설연구소/전담부서 관련 증빙

  • 연구조직 인정서 및 연구원 현황, 연구공간 등 요건 증빙 서류 등

• 연구·인력개발비 명세서

  • 연구원 인사자료, 근로계약서, 연구소 조직도, 급여대장, 4대 보험 사업주 부담분 내역 등

• 연구개발계획서

  • 연구개발보고서, 연구과제 총괄표, 연구노트 등 R&D 활동 입증 문서 등

공제 항목 별 추가 서류

• 재료비·외주연구개발비 공제 시

  • 세금계산서, 계약서, 거래명세서 둥

• 인력개발비 공제 시

  • 교육비 영수증, 위탁훈련 계약서, 내부 교육 계획서, 참석자 명단 등