비상장주식 거래는 상장주식처럼 증권사를 통해 세금이 자동으로 원천징수되지 않습니다. 양도소득세와 증권거래세 모두 주식을 판 주주 본인이 직접 신고하고 납부해야 합니다. 실무에서 보면 "회사가 알아서 처리해 주겠지"라고 생각했다가 신고 기한이 지나고 나서야 본인에게 신고 의무가 있었다는 사실을 알게 되는 경우가 적지 않습니다. 주주 본인이 직접 챙기지 않으면 무신고 가산세까지 붙을 수 있으니, 비상장주식을 양도했다면 아래 내용을 꼭 확인해 보시기 바랍니다.

양도소득세, 누가 신고해야 하나요?

비상장주식 양도소득세의 납세의무자는 주식을 판 사람(양도인)입니다. 소득세법상 주식의 양도로 발생하는 소득은 양도소득으로 분류되며, 주식을 판 개인(거주자)이 직접 세무서에 신고하고 세금을 납부해야 합니다.

회사(법인)는 주주명부의 명의개서를 처리해 줄 뿐, 개별 주주의 양도소득세를 대신 신고하거나 납부해 줄 의무가 없습니다. 법인에게 있는 의무는 법인세 신고 시 '주식등변동상황명세서'를 제출하는 것까지입니다.

⚠️ 회사에 양수도 계약서를 제출했다고 해서 세금 신고가 끝난 것이 아닙니다. 양수도 계약서 제출은 회사 내부의 주주 변경 절차일 뿐이고, 양도소득세와 증권거래세 신고는 주주 본인이 별도로 해야 합니다.

상장주식과 무엇이 다른가요?

상장주식(코스피, 코스닥 등)의 경우 소액주주가 장내에서 거래하면 양도소득세가 과세되지 않는 경우가 많습니다(대주주 제외). 증권사가 증권거래세도 원천징수해서 납부하므로, 투자자 입장에서는 별도 신고 절차가 거의 없습니다.

반면 비상장주식은 대주주·소액주주 구분 없이, 단 1주만 팔더라도 양도소득세 과세 대상입니다. K-OTC 같은 장외시장을 통하지 않고 개인 간 직접 거래하는 경우가 대부분이어서, 세금이 자동으로 처리되는 구조가 아닙니다.

그렇다면 국세청은 비상장주식 거래를 어떻게 파악할까요? 법인이 법인세 신고 시 제출하는 주식변동상황명세서를 통해 주주 간 주식 이동이 있었다는 사실을 파악할 수 있습니다. 양도인이 직접 신고하지 않더라도 세무서에서 연락이 오게 되고, 그때는 가산세까지 포함된 세금이 부과될 수 있습니다.

💡 실무에서는 법인의 세무전문가가 주식변동상황명세서를 작성하면서 주주 변동 사실을 먼저 인지하는 경우가 많습니다.

양도차익이 없어도 신고해야 합니다

"손해 보고 팔았으니 세금 낼 것도 없고, 신고도 안 해도 되겠지"라고 생각하기 쉽지만, 양도소득세 신고는 세금을 내는 행위만이 아닙니다. "이 주식을 얼마에 사서 얼마에 팔았고, 양도차익이 0원입니다"라는 사실을 국세청에 확정하는 절차이기도 합니다.

신고를 하지 않으면 국세청은 양도인이 해당 주식을 얼마에 취득했는지 확인할 수 없습니다. 이 경우 취득가액을 확인할 수 없다고 보고 추정 계산해 결정할 수 있습니다.

예를 들어, 실제로는 주당 50,000원에 취득한 주식을 주당 40,000원에 양도해서 손해를 봤더라도, 신고를 하지 않아 국세청이 취득가액을 액면가 5,000원으로 추계 결정하면 주당 35,000원의 양도차익이 발생한 것으로 간주됩니다. 1,000주를 팔았다면 약 3,500만 원의 양도차익에 대해 세금이 부과되는 셈입니다.

⚠️ 손해를 본 거래라도 신고를 통해 취득가액을 입증해야 합니다. 신고하지 않으면 입증 책임이 납세자에게 불리하게 작용하고, 무신고 가산세까지 추가될 수 있습니다.

👉 자세히 보기 - 비상장주식 양도차익이 없어도 신고해야 하는 이유와 가산세

양도소득세 신고와 양도 효력은 별개입니다

실무에서 간혹 "세금 신고를 아직 안 했으니 주식을 안 판 것으로 치자"라고 생각하는 경우가 있습니다. 하지만 양도소득세 신고 여부와 주식 양도의 법적 효력은 전혀 별개입니다.

세법상 양도란 등기나 등록과 관계없이 매도·교환 등으로 자산이 유상으로 사실상 이전되는 것을 말합니다. 대금을 주고받아 실질적으로 소유권이 넘어갔다면, 신고 여부와 상관없이 납세의무는 이미 성립한 것입니다.

반대로 세금을 신고했다고 해서 양도의 법적 효력이 완성되는 것도 아닙니다. 양도 효력은 당사자 간의 양도 계약과 대금 지급으로 발생하는 것이지, 세금 신고와 연동되지 않습니다.

다만 세금 신고를 누락하면 양도인에게는 체납 문제가 발생하고, 매수인도 추후 해당 주식을 다시 팔 때 취득가액을 입증하는 데 어려움을 겪을 수 있습니다. 거래 양쪽 모두에게 불이익이 생길 수 있으므로, 양도 계약 체결 시점부터 세금 신고 일정을 함께 계획해 두는 것이 좋습니다.

👉 자세히 보기 - 비상장주식 양도 효력 기준일: 대금청산일 vs 명의개서일

신고 기한과 세율

신고 기한

주식 양도소득세는 반기(6개월) 단위로 신고 기한이 정해져 있습니다.

해당 연도에 누진세율 적용 대상 주식을 여러 번 양도했는데 예정신고 때 합산하지 않았다면, 다음 해 5월에 확정신고를 해야 합니다.

세율

양도차익이 발생하면, 중소기업 여부와 대주주 여부에 따라 세율이 달라집니다.

1. 기본공제: 양도소득금액에서 연간 250만 원을 공제합니다(연 1회).

2. 증권거래세: 비상장주식은 양도가액의 0.35%를 별도로 신고·납부해야 합니다. 이익이 없어도 주식 소유권이 이전되는 행위 자체에 부과되므로, 손해를 봤더라도 납부 의무가 있습니다.

👉 자세히 보기 - 비상장주식 양도소득세·증권거래세 신고 기한과 가산세

대주주 판단 기준

세율이 달라지는 대주주 여부는 직전 사업연도 종료일 현재의 지분율 또는 시가총액으로 판단합니다(2024년 1월 1일 이후 양도분 기준).

둘 중 하나만 충족해도 대주주에 해당합니다. 본인뿐 아니라 특수관계인(배우자, 직계존비속 등)의 지분을 합산해서 판단하므로, 가족 간 지분 분산이 있는 경우에는 합산 후에도 기준에 해당하지 않는지 확인이 필요합니다.

실무상 놓치기 쉬운 주의점

1. 증권거래세도 따로 신고해야 합니다. 양도소득세만 신고하고 끝이 아닙니다. 주식을 양도할 때는 이익 여부와 관계없이 양도가액의 일정 비율을 증권거래세로 납부해야 합니다. 비상장주식의 증권거래세율은 0.35%이며, 이 역시 양도인이 직접 신고·납부합니다. 신고 기한은 양도소득세 예정신고와 동일하게 반기의 말일부터 2개월 이내입니다.

2. 저가·고가 거래에 주의하세요. 특수관계인(회사 임직원, 가족 등)에게 시가보다 현저히 낮거나 높은 가격으로 거래할 경우, 부당행위계산부인 규정이 적용되어 세금이 추징될 수 있습니다. 비상장주식은 시가를 확인하기 어려운 만큼, 상속세 및 증여세법상 보충적 평가방법 등을 통해 적정 시가를 산정한 뒤 거래하는 것이 중요합니다.

💡 특수관계인 간 거래가 아니더라도, 시가 대비 지나치게 낮은 가격으로 양도하면 과세관청이 시가 기준으로 양도가액을 재산정할 수 있습니다. 거래 전에 비상장주식 평가를 먼저 받아보는 것이 안전합니다.