이월결손금 보유 회사 인수·합병(M&A) 시 세무상 주의사항

이월결손금은 과거에 발생한 세무상 손실을 미래의 과세소득에서 차감하여 법인세 부담을 낮출 수 있는 일종의 '세무상 자산'입니다. 이 때문에 M&A 시장에서는 이월결손금을 활용해 합병 후 법인세 절감 효과를 누리려는 시도가 빈번하게 발생합니다.

현행 세법은 이러한 제도가 조세 회피 수단으로 악용되는 것을 방지하기 위해, M&A를 통한 결손금 승계 및 공제에 대해 매우 엄격한 요건과 사후관리 의무를 부과하고 있습니다. 만약 합병 과정에서 이러한 제약 사항을 면밀히 검토하지 않는다면, 향후 결손금 공제가 전액 부인되는 것은 물론 예상치 못한 거액의 법인세가 추징될 위험이 있습니다.

따라서 이월결손금이 누적된 회사를 인수하거나 합병할 때는 다음 유의사항을 반드시 점검해야 합니다.

1. 이월결손금 승계 조건: '적격합병' 요건 충족

합병법인(존속하는 회사)이 피합병법인(소멸하는 회사)의 이월결손금을 승계받으려면, 세법상 '적격합병' 요건을 모두 충족해야 합니다. 만약 아래 요건 중 하나라도 충족하지 못할 경우, 피합병법인의 이월결손금은 전액 소멸하게 됩니다.

1) 사업 목적성

합병등기일 현재 1년 이상 사업을 영위하던 내국법인 간의 합병이어야 합니다. 이는 사업적 실체 없이 오로지 결손금 승계만을 목적으로 형식적으로 설립된 법인(SPC 등)과의 합병을 차단하기 위함입니다.

2) 지분의 연속성

피합병법인의 주주가 합병 대가로 합병법인의 주식을 80% 이상 받아야 하며, 지배주주의 경우 배정받은 주식을 합병등기일이 속하는 사업연도의 종료일까지 계속 보유해야 합니다.

3) 사업의 계속성

합병 후 합병등기일이 속하는 사업연도 종료일까지 피합병법인으로부터 승계받은 사업을 계속 영위해야 합니다. 만약 해당 기간 내에 승계받은 사업을 폐지하는 경우 요건 불충족으로 간주됩니다.

2. 비적격합병으로 판단될 경우 불이익

만약 위 요건을 갖추지 못해 인수합병의 목적이 사업적 필요가 아닌 조세 회피 목적의 '비적격합병'으로 판단될 경우, 다음과 같은 불이익이 발생합니다.

결손금 승계 불가: 피합병법인의 이월결손금은 합병법인에 승계되지 않고 소멸합니다.
자산 양도차익 과세: 피합병법인이 합병법인에게 자산을 시가로 양도한 것으로 보아, 그 차익에 대해 법인세가 부과됩니다.
세액공제 승계 불가: 피합병법인이 적용받던 각종 세액감면이나 이월된 세액공제 혜택 또한 승계받을 수 없습니다.

3. 승계된 이월결손금의 공제 범위: '교차 공제' 금지

적격합병을 통해 이월결손금을 승계받았더라도, 이를 합병법인의 전체 소득에서 자유롭게 공제할 수는 없습니다.

승계받은 결손금은 오직 '승계받은 사업 부문'에서 발생한 소득금액 범위 내에서만 공제 가능합니다. 반대로 합병법인이 기존에 보유하던 이월결손금 역시 승계받은 사업의 소득에서 공제할 수 없습니다.

즉, ‘기존 우량 사업의 이익’을 ‘인수합병한 회사의 결손금’으로 상계하여 세금을 줄이는 행위는 불가능합니다.

4. 사후관리 의무: 철저한 '구분경리' 필수

앞서 언급한 공제 제한 규정을 준수하기 위해, 합병법인은 반드시 각 사업을 ‘구분경리’해야 할 의무를 집니다.

1) 구분경리 준수: 합병법인은 자산·부채 및 손익을 '승계받은 사업'과 '그 밖의 사업(기존 사업)'으로 각각 별도의 회계 장부로 구분하여 기록해야 합니다. 이는 이월결손금을 공제받는 기간 동안 계속 적용해야 합니다.

2) 자산 처분손실 공제 제한: 합병 후 5년 이내에 발생하는 승계 자산의 처분손실(합병 당시 내재손실)은 일반적인 비용이 아닌 결손금과 동일하게 취급됩니다. 따라서 해당 처분손실은 승계받은 사업의 소득금액 범위 내에서만 비용 처리가 허용됩니다. 이는 시가가 장부가액보다 현저히 낮은 자산을 합병법인에 넘겨 손실을 실현하는 방식의 조세 회피를 방지하기 위함입니다.