의제매입세액 공제의 법인세 회계 처리 및 실무 유의사항

면세 농산물 등을 구입하여 과세 재화를 제조·가공하는 사업자는 부가가치세 신고 시 '의제매입세액 공제'를 받을 수 있습니다. 하지만 많은 사업자가 부가가치세 신고 후 법인세(또는 소득세) 신고 시 이 공제액을 어떻게 회계 처리해야 하는지, 추징 사유 발생 시 귀속 시기는 언제인지 혼동하는 경우가 많습니다.

1. 의제매입세액의 법인세 회계 처리 원칙

의제매입세액 공제는 부가가치세법상 혜택이지만, 이는 법인세 계산 시 자산의 취득원가나 비용에 직접적인 영향을 미칩니다.

1) 매입세액의 구분 및 처리 방법

법인세법상 부가가치세 매입세액은 공제 여부에 따라 회계 처리가 달라집니다. 의제매입세액은 '공제받은 매입세액'으로 분류되어 다음과 같이 처리해야 합니다.

공제받은 의제매입세액: 자산의 취득가액에서 차감합니다. 부가가치세 신고 시 해당 세액만큼을 공제(환급 효과)받았으므로, 실질적인 자산의 구매 비용(원가)은 그만큼 줄어든 것으로 봅니다. 따라서 원재료 등의 취득가액에서 의제매입세액 공제액을 뺍니다.
공제받지 못한 매입세액: 일반적으로 취득원가에 산입하거나 손금(비용)으로 처리합니다. (예: 면세사업자의 매입세액, 비영업용 소형승용차 관련 매입세액 등)

참고: 부가가치세 매입세액 세무상 처리방법 요약
과세사업자 (세금계산서 수취분 등): 손금/익금과 무관 (부가세 대급금 처리)
과세사업자 (의제매입세액 공제분): 취득가액에서 차감
과세사업자 (의제매입세액 불공제분): 부대비용(손금) 산입

2. 의제매입세액 추징세액의 귀속 시기

의제매입세액 공제를 받은 후, 해당 원재료를 그대로 양도하거나 면세사업에 전용하는 등 공제 요건을 위반하여 세액을 추징당하는 경우가 있습니다. 이때 법인세법상 해당 비용(추가 납부세액)의 귀속 시기는 다음과 같습니다.

귀속 시기: 사유가 발생한 날
설명: 일반적인 조세공과금의 확정일(고지일 등)과 달리, 의제매입세액의 추가 납부 사유가 발생한 날을 기준으로 손익을 인식해야 합니다.

3. 적격 증빙 수취 및 관리 유의사항

의제매입세액 공제를 받기 위해서는 면세 농산물 등을 구입했다는 적격 증빙이 필수적입니다. 비록 면세 거래라 부가가치세가 없더라도, 법인세법상 비용 인정을 받기 위해 다음 사항을 유의해야 합니다.

계산서 및 신용카드 매출전표 수취: 사업자로부터 면세 농산물을 구입할 때는 반드시 계산서나 신용카드 매출전표, 현금영수증을 수취해야 합니다.
전자계산서: 전자계산서 의무발급 대상자(법인 및 일정 규모 이상 개인사업자)와의 거래 시 전자계산서를 수취하는 것이 관리에 용이합니다.
농·어민 직접 구입 시 증빙: 농·어민으로부터 직접 재화를 공급받는 경우, 금융회사를 통해 대금을 지급하고 경비등의 송금명세서를 제출하면 정규영수증 수취 의무가 면제됩니다.