대한민국에는 수많은 세금이 존재하지만, 법인을 운영하며 실질적으로 관리해야 할 세목은 부가가치세, 원천세, 법인세 3가지로 압축됩니다.

이 중에서도 부가가치세와 원천세는 특별히 주의해야 합니다. 회사가 내는 세금이 아니라, 거래 상대방이나 직원이 내야 할 세금을 회사가 잠시 맡아서 대신 납부하는 구조이기 때문입니다. 다시 말해 '남의 돈'을 보관하고 있다가 정해진 기한에 국가에 내주는 것입니다. 이 돈을 운영자금으로 착각하거나 납부를 미루면 회사 자금 흐름에 심각한 문제가 생길 수 있습니다.

반면 법인세는 회사 자체의 이익에 대한 세금입니다. 회사가 실제로 부담하는 비용이라는 점에서 구조가 다릅니다. 각 세목의 성격과 실무에서 주의할 점을 정리했습니다.

1. 부가가치세: 거래 상대방의 세금을 대신 받아 납부

부가가치세는 재화나 용역을 공급하며 창출한 가치에 10%의 세율을 적용하는 세금입니다. 중요한 점은 이 세금의 최종 부담자는 소비자 또는 거래 상대방이라는 것입니다.

왜 '대납'하는 세금인가

물건을 팔거나 서비스를 제공할 때, 공급가액에 부가가치세 10%를 더해서 받습니다. 이렇게 받은 세금(매출세액)은 회사 수익이 아니라 거래 상대방이 부담한 세금을 회사가 대신 받아둔 것입니다. 마찬가지로 회사가 물건을 사거나 서비스를 구매할 때 낸 세금(매입세액)도 결국 회사가 최종 부담하는 것이 아니라 차감받게 됩니다.

납부 세액 = 매출세액 - 매입세액

결국 부가가치세는 거래 과정에서 발생한 부가가치만큼만 회사가 납부하는 구조입니다. 회사는 세금 징수·납부 업무를 대행하는 역할을 하는 것이지, 세금을 직접 부담하는 주체가 아닙니다.

신고·납부 안 하면 생기는 일

부가가치세를 제때 신고·납부하지 않으면 다음과 같은 문제가 발생합니다.

• 매입세액 공제 누락: 부가세 신고를 하지 않으면 매입 시 부담한 세금을 돌려받을 수 없습니다. 사실상 회사가 이중으로 세금을 부담하는 셈입니다.

• 무신고 가산세 부과: 납부할 세액의 20%가 무신고 가산세로 부과됩니다.

• 법인세 신고 누락으로 이어짐: 부가세 신고를 하지 않으면 매출·매입 내역이 정리되지 않아 법인세 신고도 제대로 할 수 없게 됩니다. 결국 세무 전체가 꼬이는 시작점이 됩니다.

2. 원천세: 직원과 프리랜서의 세금을 미리 떼어 납부

원천세는 회사가 임직원이나 프리랜서에게 급여나 대가를 지급할 때, 소득자가 내야 할 소득세와 지방소득세를 미리 공제한 후 국가에 대신 납부하는 제도입니다.

왜 '대납'하는 세금인가

세금을 최종적으로 부담하는 사람은 소득을 받는 직원이나 프리랜서입니다. 하지만 세법은 급여·대가를 지급하는 법인에게 원천징수의무자 역할을 부여합니다.

쉽게 말해 직원 월급 300만 원을 주면서 세금 30만 원을 공제하고 270만 원을 지급했다면, 그 30만 원은 회사 돈이 아니라 직원이 낼 세금을 회사가 보관하고 있는 것입니다.

신고·납부 안 하면 생기는 일

원천세를 제때 납부하지 않으면 다른 세금보다 훨씬 심각한 문제가 발생합니다.

• 임금 미지급과 동일한 성격: 직원 급여에서 이미 세금을 떼어갔는데 국가에 납부하지 않았다면, 실질적으로 직원 돈을 회사가 쓴 것과 마찬가지입니다. 법적으로도 임금 미지급에 준하는 문제가 될 수 있습니다.

• 가산세 및 가산금 부과: 미납세액의 3%가 가산세로 부과되고, 납부 지연 시 추가 가산금이 붙습니다.

• 대표자 개인 책임: 원천세를 장기간 미납하면 대표이사 개인에게 납부 책임이 부과될 수 있습니다. 회사 돈이 아니라 임직원의 세금을 내지 않은 것이므로 책임이 무겁습니다.

3. 법인세: 회사 이익에 대한 세금

법인세는 앞의 두 세금과 근본적으로 다릅니다. 회사의 사업 활동을 통해 발생한 소득에 대해 회사가 직접 부담하는 세금입니다. 대납이 아니라 회사 자체의 비용입니다.

적자 법인도 반드시 신고해야

초기 스타트업은 매출보다 비용이 커서 적자가 나는 경우가 많습니다. 하지만 적자가 발생한 법인도 반드시 신고해야 합니다. 납부할 세금이 없다고 신고를 누락하면 당장은 큰 문제가 없어 보이지만, 장기적으로 회사 운영에 치명적입니다.

신고 안 하면 생기는 일

법인세 신고를 하지 않으면 다음과 같은 문제가 발생합니다.

• 이월결손금 공제 불가: 신고를 통해 확정된 결손금은 향후 15년간 이월되어, 이익이 발생했을 때 차감할 수 있습니다. 예를 들어 1년차에 1억 원 적자, 2년차에 1억 원 흑자가 발생했다면 1년차 신고를 했을 경우 2년차 과세표준이 0원이 되어 세금을 내지 않습니다. 신고하지 않으면 손실이 발생했다는 사실 자체가 인정되지 않아 이 혜택을 받을 수 없습니다.

• 무신고 가산세 부과: 수입금액(매출)이 있음에도 신고하지 않으면 무신고 가산세가 부과됩니다.

• 금융거래 및 정상 영업활동 불가: 법인세 신고를 매년 하지 않으면 재무제표가 확정되지 않습니다. 이 경우 은행 대출, 정부 지원사업 신청, 투자 유치 등 정상적인 금융거래와 영업활동이 사실상 불가능합니다. 회사에 얼마나 손실이 발생했는지조차 공식적으로 확인할 수 없기 때문입니다.

주요 세금 비교표

세금 관리, 초기부터 습관을 만들어야 합니다

법인을 처음 설립하면 사업에 집중하느라 세금 관리를 뒷전으로 미루기 쉽습니다. 하지만 부가가치세와 원천세는 ‘남의 돈’을 맡아두는 구조이고, 법인세는 손실 확정과 금융거래의 기본이 되는 만큼 초기부터 관리 습관을 잡아두는 것이 중요합니다.

실무에서는 “지금은 적자라서 괜찮겠지” 하고 신고를 미루다가, 사업이 본격적으로 돌아가려는 시점에 과거 무신고·지연 신고 내역 때문에 발목이 잡히는 경우를 자주 봅니다. 세금 관리를 사업과 무관한 행정업무로 보지 말고, 법인을 운영하기 위해 반드시 지켜야 할 기본 의무로 인식하는 것이 바람직합니다.