두 회사의 임원을 겸직하는 경우, 급여는 어떻게 처리해야 할까?

그룹사나 계열사 등 특수관계에 있는 두 법인의 임원이나 직원을 겸직하는 사례가 종종 있습니다. 이때 한쪽 회사에서 급여 전액을 지급해도 세무상 문제가 없을까요? 아니면 양쪽에서 나눠서 지급해야 할까요?

법인세법에서는 각 법인에 기여하는 업무량 등에 따라 합리적으로 배분된 금액만 비용 인정(손금 산입)하고 있습니다. 구체적인 배분 기준과 주의사항을 자세히 알아보겠습니다.

1. 급여 배분 원칙: 업무량에 따라 합리적으로 나눠야 합니다

법인세법에 따르면, 당해 법인(A)의 종업원이 특수관계에 있는 다른 법인(B)의 종업원을 겸직하고 있는 경우, 인건비는 합리적으로 배분되어야 합니다.

만약 A 법인에서 급여를 전액 지급했다 하더라도, 실제로 B 법인을 위해 일한 부분이 있다면 그 부분에 해당하는 금액은 A 법인의 비용으로 인정받기 어렵습니다. 세법에서는 이를 ‘합리적으로 배분된 금액’에 한하여 비용 인정(손금 산입)할 수 있다고 규정하고 있습니다.

그렇다면 무엇을 기준으로 급여를 나눠야 ‘합리적’이라고 인정받을 수 있을까요? 관련 예규 및 판례에서는 다음과 같은 요소들을 종합적으로 고려하여 판단합니다.

즉, 단순히 '반반씩 부담하자'라고 정하는 것이 아니라, 실제 두 회사에 기여한 업무 비중과 계약 내용을 근거로 급여를 나눠야 세무 리스크를 줄일 수 있습니다.

만약 A 법인의 임원이 B 법인의 대표이사를 겸직하고 있는데, A 법인에서만 급여를 지급한다면 어떻게 될까요?

세무 당국은 이를 A 법인이 B 법인이 부담해야 할 급여를 대신 내준 것으로 간주할 수 있습니다. 이는 ‘부당행위계산의 부인’ 규정의 적용 대상이 되어, A 법인이 대신 지급한 금액만큼은 비용 불인정(손금 불산입)받고 세금을 더 내야 할 수 있습니다.

원칙적으로는 두 회사의 업무를 모두 수행한다면 급여를 나누는 것이 맞습니다. 하지만 한쪽 회사에서는 일을 거의 하지 않거나, 이름만 걸어둔 경우라면 이야기가 다릅니다.

한쪽 회사(B법인)에는 등기만 되어 있을 뿐, 실제로 출근하지 않고 업무도 거의 수행하지 않는 경우(비상근)입니다.

핵심: B법인에서 실제 한 일이 없다면, B법인은 급여를 줄 필요가 없습니다. 이때는 주된 회사(A법인)가 급여 100%를 전액 부담해도 세무상 문제가 되지 않습니다.
주의: 만약 일을 안 하는 B법인에서 억지로 급여를 지급하면, 세무서는 이를 비용 불인정(손금 불산입)할 수 있습니다.

모회사(A법인) 소속이지만, 자회사(B법인)로 파견을 나가 자회사(B법인)의 업무만 전담하는 경우입니다.

핵심: 몸은 A법인 소속이라도 실제 일은 B법인에서만 하므로, B법인이 인건비 전액을 부담해야 합니다.
주의: 이때 A법인이 급여를 대신 내주면, A법인은 업무와 무관한 돈을 쓴 것으로 간주되어 세무상 비용 불인정(손금 불산입)을 받습니다.

직원이 해외 자회사로 파견을 나갔는데, 해외 자회사의 업무만 수행하는 경우입니다.

핵심: 이 경우 국내 모회사가 급여를 지급하면 비용 불인정(손금 불산입)됩니다. 해외 자회사가 전액 부담해야 합니다.
예외: 만약 해외 파견 직원이 국내 모회사의 업무(수출 알선, 시장 조사 등)도 함께 수행한다면, 그 기여도만큼 국내 모회사도 급여의 일부를 부담(비용 인정(손금 산입))할 수 있습니다.