법인이 여러 지점을 운영할 경우, 원칙적으로 부가가치세법은 ‘사업장별 과세 원칙’을 따라요. 즉, 하나의 법인이더라도 지점마다 별도의 사업자등록번호를 부여받고, 세금계산서 발급이나 부가세 신고·납부를 각각 독립적으로 해야 한다는 뜻이에요.

또한 사업자등록번호가 여러 개니 지점마다 별도로 기장을 해야 하고, 법인세 신고 시에는 다시 전체 지점을 합산해 결산하는 절차가 필요해요. 결국 지점이 늘어날수록 부가세 관련 행정처리 부담이 커지고 기장료도 늘어날 수밖에 없죠.

이런 비효율을 줄이기 위해 도입된 제도가 바로 ‘사업자 단위 과세 제도’예요.

1. 사업자 단위 과세 제도란?

사업자 단위 과세 제도는 둘 이상의 사업장이 있는 사업자가 본점(또는 주사무소) 관할 세무서장에게 등록함으로써, 본점의 사업자등록번호 하나로 모든 지점의 납세 의무를 통합 처리하는 제도예요.

이 제도를 활용하면 지점은 별도의 사업자등록번호를 갖지 않고, 본점에 소속된 '종된 사업장'으로 관리돼요.

2. 적용 시 주요 효과 및 장점

사업자 단위 과세 제도를 적용받으면 세무 행정이 간소화되어 관리 효율성을 높일 수 있어요.

• 사업자등록번호 하나로 통일 모든 지점이 본점의 사업자등록번호를 공통으로 사용해요. 따라서 지점별로 사업자등록을 따로 할 필요가 없어요.

• 세금계산서 발급·수취 통합 모든 매입·매출 세금계산서는 본점 명의로 처리해요. 지점별로 세금계산서를 관리할 필요가 없어져요.

• 신고 및 납부 일원화 부가가치세 신고와 납부를 본점 관할 세무서에서 한 번에 처리해요. 지점마다 신고서를 따로 작성해 제출하지 않아도 돼요.

• 내부 거래 과세 제외 원래 본점과 지점, 혹은 지점 간 거래 시에도 세금계산서를 주고받아야 하지만, 이 제도를 이용하면 내부 거래에 대한 발급 및 과세 의무가 사라져요.

3. 신청 요건 및 기한

사업자 단위 과세 제도를 적용받기 위해서는 법정 기한 내에 관할 세무서장에게 신청(변경등록)을 해야 해요.

기존에 지점이 있는 경우 (과세 유형 변경)

적용받으려는 부가세 과세기간 개시 20일 전까지 본점 관할 세무서에 '사업자등록 정정신고(사업자 단위 과세 등록 신청)'를 해야 해요.

(예: 2026년 1월 1일부터 적용받으려면 25년 12월 11일까지, 7월 1일부터 적용받으려면 6월 10일까지 신청해야 해요.)

신규로 지점을 개설하는 경우

기존에 단일 사업장이던 법인이 신규 지점을 개설하면서 사업자 단위 과세를 적용받고자 한다면, 추가 사업장의 사업 개시일로부터 20일 이내에 본점 관할 세무서장에게 변경등록을 신청하면 돼요.

4. 사업자단위과세를 추천하지 않는 경우

행정적 편의성에도 불구하고, 기업의 운영 환경에 따라 오히려 불리하거나 실무상 제약이 생길 수 있으니 신중한 검토가 필요해요.

1) 지점별 성과 관리가 중요한 경우

모든 매출과 매입 데이터가 본점 사업자번호 하나로 집계되기 때문에, 지점별 손익 계산이나 성과 평가를 위해 데이터를 분리해 내는 작업이 까다로울 수 있어요.

2) 플랫폼 비즈니스(배달앱, 지도 서비스 등)를 이용하는 경우

음식점이나 소매업처럼 오프라인 매장의 위치 정보가 중요한 업종은 주의가 필요해요. '네이버 지도'나 '배달의민족' 같은 주요 플랫폼 서비스는 입점 심사 및 정산 관리를 위해 매장별 고유의 사업자등록번호를 요구하는 경우가 많아요.

사업자 단위 과세를 적용하면 지점 고유의 번호가 없어서(종된 사업장 일련번호만 부여됨), 이런 플랫폼에 개별 매장으로 등록하거나 별도 정산을 받는 데 시스템적 제약이 발생할 수 있으니 주의해야 해요.