세무대리인에게 연말정산을 의뢰하셨더라도, 대표가 직접 챙겨야 할 절차들이 남아 있습니다. 특히 직원들에게 환급금을 먼저 지급한 후 회사가 이를 어떻게 회수하는지, 그리고 언제까지 무엇을 처리해야 하는지에 대한 이해가 필요합니다. 이 글에서는 연말정산 이후 회사가 처리해야 할 핵심 사항들을 정리했습니다.
1. 연말정산 결과는 2월 급여에 반영돼요
연말정산이 완료되면 직원별로 환급 또는 추가납부 결과가 나타납니다. 환급은 매월 급여에서 원천징수한 세액이 실제 납부할 세액보다 많았던 경우이고, 추가납부는 그 반대입니다. 각종 소득공제와 세액공제를 반영한 결과, 이미 납부한 세금 중 일부를 돌려받거나 부족한 세액을 추가로 납부하게 되는 것입니다.
이 결과는 2월분 급여 지급 시 반영하여 정산합니다. 환급 대상 직원에게는 환급액을 급여와 함께 지급하고, 추가납부 대상 직원은 해당 세액을 급여에서 차감하여 지급합니다.
유의사항: 회사 급여 지급일이 '2월분 급여를 3월에 지급(익월지급)'하는 구조라면, 3월 급여 지급 시점에 반영 합니다.
여기서 대표님들이 가장 궁금해하시는 부분이 바로 환급금입니다. 회사는 환급금을 우선 자체 자금으로 직원에게 급여와 함께 지급하게 되는데, 이후 원천세 납부 과정에서 해당 지급액을 회수하게 됩니다.
2. 먼저 지급한 환급금은 원천세에서 차감해줘요
회사는 매월 직원 급여에서 원천징수한 소득세를 국세청에 납부하는데, 연말정산으로 직원들에게 지급한 환급금은 이후 납부할 원천세에서 차감하여 납부하게 됩니다. 2월분 원천세 신고 시 세무대리인이 환급금을 반영하여 실제 납부할 금액을 계산하므로, 회사는 차감된 순액만 납부하면 됩니다. 이를 통해 자연스럽게 환급금을 회수하는 구조입니다.
다만 직원들에게 지급한 환급금 총액이 당월 납부할 원천세보다 큰 경우도 있습니다. 이때는 두 가지 방법 중 하나를 선택할 수 있습니다.
차월 이월 방식
초과한 금액을 다음 달 이후 납부할 원천세에서 계속 차감해나가는 방법입니다. 별도 신청 없이 자동으로 처리되며, 일반적으로 가장 빠르게 환급금을 회수하는 방법이라 실무에서 많이 사용됩니다.
환급 신청 방식
회사 자금이 급하게 필요한 상황이라면 관할 세무서에 '원천징수세액 환급신청서'를 제출하여 계좌로 직접 환급받을 수 있습니다. 다만 실제 환급까지 1개월 이상 소요되는 경우가 많아 차월 이월 방식보다 오히려 시간이 더 걸릴 수 있음에 유의해야 합니다.
3. 근로자에게 연말정산 결과를 전달 해주세요
또한 연말정산이 완료되면 회사는 각 직원에게 '근로소득 원천징수영수증'을 전달해야 합니다. 이 서류에는 연간 총급여, 각종 공제 내역, 결정세액, 그리고 최종 환급액 또는 추가납부액이 기재되어 있습니다. 직원들은 이를 통해 본인의 연말정산 결과를 확인하며, 필요 시 소득 증빙 자료로도 활용합니다. 세무대리인이 작성한 영수증을 직원들에게 전달하시면 됩니다.
이후 연말정산 결과는 세무대리인은 3월 10일까지 국세청에 신고 합니다.
4. 연말정산 수정이 필요한 경우
연말정산은 한 번 완료되면 회사가 다시 수정해야 하는 경우는 거의 없습니다.
직원의 본인의 공제 누락이나 실수는 5월 종합소득세 신고로 수정 가능합니다.
연말정산 시 직원 본인이 공제 서류 제출을 빠뜨렸거나 잘못 반영된 부분이 있다면, 직원 본인이 5월 종합소득세 신고 기간에 직접 신고하여 정정할 수 있습니다. 이러한 경우 회사가 별도로 개입하거나 재정산할 필요는 없습니다.
회사가 재정산을 해야 하는 경우는 극히 예외적입니다.
법인세 신고 또는 세무조사 과정에서 대표이사나 임원에게 인정상여 처분이 발생했을 때가 대표적입니다. 이 경우 해당 소득에 대해 연말정산을 다시 해야 하며, 소득금액변동통지서를 받은 날의 다음 달 10일까지 재정산을 완료하고 소득세를 신고·납부해야 합니다. 통지를 받으시면 즉시 세무대리인과 공유하여 처리하시기 바랍니다.
연말정산은 세무대리인이 계산을 담당하지만, 급여 반영과 환급금 회수, 기한 내 신고 완료는 회사가 직접 관리해야 하는 영역입니다. 세무대리인과의 원활한 소통과 위 사항들에 대한 점검만 이루어진다면, 연말정산 사후 절차를 차질 없이 마무리하실 수 있을 것입니다.
