주주간 지분율 변경 방법 총정리

💡 이 글을 통해 알 수 있는 지식

  • 기존주주 간 지분율 변경 방법

  • 지분 양수도 계약의 효력발생 시점

  • 지분 양수도에 따른 세금과 주식가치 산정 필요성

  • 세금 신고 납부 시기

  • 세무대리인 대행 시 절차안내


법인 설립 초기에는 에서는 구성원 간의 지분구조 변경이 자주 발생합니다. 먼저 법인 대표들이 가장 자주 오해하는 사항부터 먼저 정리해보겠습니다. 아래에 열거된 항목 중 모르셨던 부분이 있다면 이 글을 천천히 읽어봐 주세요.


❗️지분율 변경관련 자주하는 오해

  • 주식을 무상으로 받은 주주는 세금을 내지 않는다. ❌

  • 임원이면서 주주인 창업멤버가 퇴사 시, 더이상 주주가 아니다. ❌

  • 기존 주주간 지분율 변경 시 등기해야 한다. ❌

  • 세금 신고가 끝나야만, 지분율 변경 효력이 발생한다. ❌

  • 우리 법인의 주주구성은 외부에서 조회할 수 있다. ❌

  • 양도 주식의 가격은 내가 납입한 주식의 액면가액이다. ❌


1. 지분율 변경 방법

주식회사는 주주들이 자본금을 출자하여 설립되며, 각 주주는 투자한 금액에 비례해 주식(지분)을 소유하게 됩니다. 주식은 각 주주의 재산이기 때문에 지분율을 변경하려면 주주 간에 주식을 양도하거나 증여하는 절차가 필요합니다.

다만 스타트업에서는 창업 초기에 멤버들 간에 지분율을 설정하더라도 실제로는 대표이사가 전체 자본금을 납입하는 경우가 많습니다. 그러나 주주인 멤버가 퇴사하더라도, 그들의 주식은 여전히 해당 주주의 재산입니다. 따라서 대표가 이 주식을 자유롭게 가져올 수는 없으며, 주식을 양도받거나 증여받는 별도의 절차를 밟아야만 합니다.


2. 지분 양수도(증여)계약의 효력 발생시점

따라서 지분율 변경이란, 한 주주가 자신이 소유한 주식이라는 자산을 다른 주주에게 양도하는 과정입니다. 이 과정을 위해 주식 양수도 계약을 체결하고, 양수도대금을 모두 납입(잔금청산)하면 주식 양도의 효력이 발생합니다. 다만, 예외적으로 잔금청산 전이라도 주주명부에 변경내용을 기록(명의개서)하게 되면 주주변경의 효력이 발생함에 주의 해야 합니다. (주식 양도 관련 세금 신고 완료 여부는 주주변경의 효력에 영향을 미치지 않습니다.)


3. 납부할 세금과 비상장주식 평가액

주주가 비상장주식을 유상으로 매각하면 이를 양도로 보며, 무상으로 넘길 경우에는 증여로 봅니다. 양도 시에는 양도한 주주가 양도로 인한 차익에 대해 양도소득세와 증권 거래세를 납부해야 합니다. 반면, 증여의 경우에는 증여를 받은 주주가 증여받은 주식의 가치에 상응하는 증여세를 납부해야 합니다.
💡상장주식은 양도소득세가 과세되지 않는 반면, 비상장주식은 1주라도 양도 시 양도소득세 과세대상 입니다.


1) 주식양도의 경우 (양도자 신고, 납부)

a. 양도소득세

  • (주식의 양도가액 - 비상장주식 평가액) * 10% (지분율 4% or 3억 이상 대주주는 20% 적용)

  • 단, 양도차익이 연 250만원 이하라면 면제

자세한 양도세율 바로가기

b. 증권거래세

  • 양도가액의 0.35%

💡양도소득세 신고를 할 때, 양도인과 양수인 간 실제로 이루어진 양도가액의 이체를 증명하는 이체 내역의 제출이 요구됩니다. 따라서 실제 양도가액의 이체가 반드시 필요합니다. 또한, 양도차익이 0원이라 납부할 양도소득세가 없다 하더라도 신고는 반드시 해야 합니다.


2) 주식 증여의 경우 (증여받은자 신고, 납부)

a. 증여세

  • 비상장주식 평가액 * 증여세율 (10~50% 증여가액별 증여세율 차등적용)

  • 단, 증여세 과세표준 50만원 이하라면 면제

자세한 증여세율 바로가기

💡주의할 점은, 비상장주식의 평가액이 최초 납입한 자본금의 액면가와 일치하지 않는다는 것입니다. 주식회사 운영과정에서 발생하는 손익과 보유자산 가격의 변동에 따라 비상장 주식의 가격은 변동 합니다. 현재 주식 가치를 산정하기 위해서는 회계법인이나 세무법인에 별도 문의가 필요합니다.

그러나 실무적으로 회사가 설립된 지 1년이 되지 않아 결산이 완료되지 않았고, 회사의 보유 자산 가격 변동이 크지 않은 경우에는 최초 납입 자본금의 액면가를 기준으로 비상장 주식의 가치를 평가하기도 합니다.


4. 신고 및 납부시기

1) 양도세, 증권거래세

  • 상반기 (1~6월) 거래 : 당해연도 8월 31일

  • 하반기 (7~12월) 거래 : 다음연도 2월 말일

2) 증여세

  • 주식 증여일이 속하는 말일 부터 3개월 내


5. 지분율 변경에 따른 법인등기 필요여부

기존 주주 간의 지분율 변경은 법인의 등기사항이 아닙니다. 예를 들어, 여러분이 삼성전자의 주식을 구매해도 삼성전자가 이를 등기하지 않는 것으로 이해하시면 됩니다. 그러나 주주가 자본금 추가납입을 통한 유상증자로 지분율이 변경되는 경우는 다릅니다. 법인의 유상증자는 등기가 필요한 사항이므로, 이 경우에는 등기 절차를 진행해야 합니다.

지분 변동 사항은 등기가 아닌 회사의 주주명부에 업데이트 하여 관리 됩니다. 주주명부는 회사 내부에서 관리되는 문서로 외부에는 공개되지 않습니다. 하지만, 주주명부는 1년에 한번 결산시점의 변경된 주주명부를 법인세 신고 시 국세청에 제출하게 됩니다. 이때에도 제출된 주주명부 내용은 외부에 공개되지 않습니다.


6. 세무대리인의 주식 양도, 증여 실무 절차

Step 1. 회계법인 : 대상 비상장주식의 가격 산정

Step 2. 고객사 : 주식양도 관련 계약서 및 필요자료를 준비하여 전달

  • (날인된) 주식양수도계약서

  • 개인간 양수도 대금 계좌이체 내역 사본

  • 양도인 및 양수인 이름, 주민등록번호, 휴대전화

Step 3. 세무대리인 : 신고 완료 후 납부서 전달

Step 4. 고객사 : 세금 납부, 주주명부 업데이트

  • 주주명부에 변경된 주주 및 지분율을 업데이트 하여 보관

  • 결산 시점의 주주명부를 세무대리인에게 전달

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